Brak stałych instytucji działających w ramach Inicjatywy Trójmorza osłabia jej skuteczność. Między innymi takie wnioski nasuwają się po ostatnim szczycie w Bukareszcie. Obecna formuła – „od szczytu do szczytu” – wynika z różnego podejścia poszczególnych państw do Trójmorza. Jednak analitycy IEŚ uważają, że powołanie odpowiednich instytucji prędzej czy później powinno nastąpić. Może to być np. forma prezydencji lub stały czy mobilny sekretariat. O szczegółach mówią uczestniczący w szczycie w Bukareszcie i reprezentujący IEŚ Marlena Gołębiowska i Łukasz Lewkowicz.