Misją Instytutu Europy Środkowej jest merytoryczne wsparcie polityki zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej poprzez prowadzenie wysokiej jakości działalności badawczej i analitycznej oraz przekazywanie interesariuszom polskim rzetelnej wiedzy na temat procesów społecznych, politycznych, gospodarczych i kulturowych zachodzących w Europie Środkowej i w jej sąsiedztwie oraz dotyczącej miejsca i roli Polski w tych procesach.

Przedmiotem szczególnych badań i analiz Instytutu są inicjatywy polityczne, gospodarcze i społeczne w Europie Środkowej i Wschodniej. Instytut prowadzi swoje działania z poszanowaniem wolności badań naukowych i w dialogu z otoczeniem zewnętrznym, zarówno krajowym, jak i międzynarodowym. Poprzez współpracę naukową z partnerami międzynarodowymi tworzy klimat sprzyjający pogłębianiu kooperacji między państwami regionu i realizacji celów polityki zagranicznej Polski.

Instytut Europy Środkowej jest utworzoną 20 grudnia 2018 r. państwową osobą prawną realizującą zadania okeślone w Ustawie o Instytucie Europy Środkowej.